在“農業行政處罰管轄”一章中，《征求意見稿》重點增加了針對電商違法監管執法的權責范圍。電子商務平臺經營者和通過自建網站、其他網絡服務銷售商品或者提供服務的電子商務經營者的違法行為由其住所地縣級以上農業行政處罰機關管轄。
平臺內經營者的違法行為由其實際經營地縣級以上農業行政處罰機關管轄。
電子商務平臺經營者住所地或違法物品的生產、加工、存儲、配送地的縣級以上農業行政處罰機關先行發現違法線索或者收到投訴、舉報的，也可以進行管轄。 
若當事人的同一違法行為，兩個以上農業行政處罰機關都有管轄權的，應當由先立案的農業行政處罰機關管轄。
兩個以上農業行政處罰機關因管轄權發生爭議的，應當自發生爭議之日起七個工作日內協商解決；協商解決不了的，報請它們共同的上一級農業行政處罰機關指定管轄。農業行政處罰機關發現立案查處的案件不屬于本部門管轄的，應當將案件移送有管轄權的農業行政處罰機關。受移送的農業行政處罰機關對管轄權有異議的，應當報請共同的上一級農業行政處罰機關指定管轄，不得再自行移送。
緊急情況下，農業執法人員可先處理再審批
《征求意見稿》指出，農業行政執法人員在執法時，若遇到證據可能滅失或者以后難以取得的情形，可經農業行政處罰機關負責人批準，對與涉嫌違法行為有關的證據采取先行登記保存措施。 
針對農業行政執法人員在實際執法的過程中可能面臨的一些問題，《征求意見稿》分類型進行了介紹，并增加了緊急情況處理流程。 
情況緊急的，農業行政執法人員可當場采取先行登記保存措施的，并采用即時通訊方式報請農業行政處罰機關負責人批準，并在二十四小時內補辦批準手續。先行登記保存有關證據，應當當場清點，開具清單，填寫先行登記保存執法文書，由當事人和農業行政執法人員簽名或者蓋章，并向當事人交付先行登記保存證據通知書和物品清單。
若就地保存可能妨害公共秩序、公共安全，或者存在其他不適宜就地保存情況的，可以異地保存。對異地保存的物品，農業行政處罰機關應當妥善保管。 
《征求意見稿》還對中止調查的幾種情形進行補充說明。即若出現，行政處罰決定須以相關案件的裁判結果或者其他行政決定為依據，而相關案件尚未審結或者其他行政決定尚未作出；涉及法律適用等問題，需要送請有權機關作出解釋或者確認；因不可抗力致使案件暫時無法調查；因當事人下落不明致使案件暫時無法調查；或其他應當中止調查的情形，可經農業行政處罰機關負責人批準，中止案件調查，并制作案件中止調查決定書。
中止調查的原因消除后，應當立即恢復案件調查。